防水排蓄水系統
進入施工程序后，首先要檢查屋頂原有防水情況，這一步非常關鍵，也是施工的難點。如果施工完畢才發現滲水漏水，補救起來非常困難，且無形中增加了施工成本。清掃干凈屋頂，封堵排水口，屋頂灌水10厘米做48小時閉水試驗，檢查無漏水情況后才可進入施工。
耐根穿刺防水層
屋頂綠化植物的根系若不采用阻攔的措施，會對屋頂的結構造成一定的傷害。即使是在僅有防水層或包括壓制層的屋面上，由于空氣的流動作用導致一些植物的種子飄落屋面上，在一定的條件下，植物也能頑強的生長。其后果導致其根系穿透防水層，甚至結構層，從而使整個屋面系統失去作用。
耐根穿刺防水層主要材料為HDPE膜。
排蓄水層
通常原始屋頂是通過屋頂面找坡排水的形式，將雨水引至排水口，屋面做防水層。在屋頂花園設計以后如果不采取專業處理，屋面的雨水無法快速地從排水口排出，將導致屋頂積水、植物根系破壞防水層導致漏水，屋頂植物淹死等問題。
所以我們做屋頂綠化設計時要考慮到屋頂有組織排水，屋頂和種植土之間需要鋪設屋頂花園專用排水板，屋頂花園專用排水板不妨礙屋頂自由排水，且有部分蓄水功能，保持屋頂植物的水分（從下往上做法為：屋頂結構-防水板-無紡布一層-5~10cm厚中粗砂-適當厚度的輕質種植土-屋頂植物）。實際工程中屋頂花園專用排水板已經得到廣泛的運用，它的效果也得到了實踐的考驗。
為了更好地觀察排水情況，在排水口處可以設置檢查口。檢查口一般為加蓋的正方形小鐵皮箱。如果是側面排水口，檢查口則安置于距離排水口10厘米的蓄排水盤上方處；如果是屋頂地面排水口，則在隔根層排水口位置預留出下水口，蓄排水盤置于排水口正上方，檢查口直接放置于蓄排水盤上方，周圍用鵝卵石固定。澆水時，從檢查口觀察水灌滿蓄排水盤并溢出，判斷水已澆足，可以停止澆水，這樣既節能又方便檢修排水口。
一般由排蓄水板，陶粒和排水管組成。主要結構為排蓄水盤。排蓄水盤一般是由凹凸兩面組成，其中一面帶有小孔，鋪設時帶小孔面朝上，小孔既可以從屋頂向上排氣，又可以向下排出多余水分，剩余水分儲存在排蓄水盤的凹面里，起到一定的保水作用。各個排蓄水盤之間連接可以直接搭邊或者凹凸相扣鋪設。
對屋頂綠化施工的驗收應重點放在保護層的防水性能和根的防護性能上。檢測的方法有積水法、噴灌法、煙氣法、外觀檢測法等。
過濾層
過濾層設于排蓄水盤與基質之間，過濾層無紡布應空鋪于排（蓄）水層之上，鋪設平整、無皺折，搭接寬度不應小于150 毫米，邊緣沿種植擋墻上翻至與種植基質高度一致。其作用是為了防止基質直接倒入而導致排蓄水盤小孔堵塞。
